中文 · English
Orange Data Mining × Assay imaging

Orange Assay Widgets

三個把檢測盤照片變成資料、擬合劑量反應曲線的 widgets——微孔盤讀取、 咖啡環讀取、3PL/4PL 曲線擬合（EC50 / LOD）。影像核心重用 coffee-ring-analyzer， 結果與其 Streamlit／手機／CLI 版一致。全程拖拉、免寫程式。

安裝 Install Widget 教學 工作流 PyPI
Overview

三個 Widgets，一條龍的檢測分析

安裝後 Orange 工具箱會多一個 Assay 分類。輸出都是一般 Orange 資料表，可接 Data Table、散佈圖、PCA、以及 orange-spectra 的 PLS-DA。

Microplate Reader

讀微孔盤照片（6–384 孔）成每孔一列的表：平均亮度或閾值面積，附 A1…H12 孔位。

Coffee-Ring Reader

量化點樣（咖啡環）盤：逐格面積/強度、除以 blank、平均重複列 → 濃度/比值表。

Dose-Response Fit

對任何濃度/訊號表擬合 3PL/4PL 邏輯曲線，回報 EC50、LOD、R²，並疊曲線於資料點。

Workflow

典型工作流

Microplate Reader ─wells──┐ ├──► Dose-Response Fit ──► EC50 / LOD / 曲線 Coffee-Ring Reader ─cells─┘ （也可接 PCA · PLS-DA · Data Table）

Dose-Response Fit 是共用 widget：兩個 reader 的輸出、或你已在試算表裡的 比色法／ELISA 數據都能接。

Install

安裝

可在 Windows、macOS（Apple 晶片與 Intel）、Linux 執行——純 Python （numpy / scipy / matplotlib / Pillow / Orange3）。

A. 桌面版 App

Options ▸ Add-ons… ▸ Add more… 輸入 orange-assay → 打勾 → OK → 重啟。 macOS 到 orangedatamining.com 下載 Mac 版 .dmg。

B. pip 版 Orange

pip install orange-assay
python -m Orange.canvas
繁中 Windows 若 Add-ons 崩潰（UnicodeDecodeError: 'cp950' codec…）： 改用命令列 "…\Programs\Orange\python.exe" -m pip install orange-assay 再重開 Orange， 或設環境變數 PYTHONUTF8=1。詳見 orange-spectra FAQ。

重啟後工具箱出現 Assay 分類（3 個 widgets）。每個 widget 左上角有 「ℹ 說明」盒子，選取後按 F1 會開對應說明頁。

Widget guide

Widget 逐一教學

Microplate Reader — 微孔盤讀取

輸出：Wells（每孔一列：value, row, col；孔位 meta 如 A1）
  1. 按 Choose plate image… 選盤面照片。
  2. 選 Format（6/12/24/48/96/384）；規則網格自動疊上。
  3. Measure：mean（平均亮度，最穩）、thresholded count / intensity（需選閾值法：Otsu / manual / per-well Otsu）。
  4. Border margin 修盤緣；Row fill 調小避免上下鄰孔互擾。
  5. Wells 接 Data Table，或把孔對應到濃度後接 Dose-Response Fit。
井位是規則網格，最穩是先量 mean，再視需要用閾值量面積。

Coffee-Ring Reader — 咖啡環讀取

輸出：Cells（正規化：concentration, ratio, se, col；未正規化：逐格 value）
  1. 選點樣／咖啡環盤照片。
  2. 設 Rows（重複列）與 Columns（第 0 欄＝blank）；可勾 Auto-detect grid 從亮點自動抓格。
  3. Measure：count 或 intensity；Threshold：manual（預設 0.43）/ Otsu / per-cell Otsu。
  4. 勾 Divide by blank：每格除以同列第 0 欄、平均重複列；Concentrations 填第 1 欄起的濃度。
  5. Cells 接 Dose-Response Fit 求 EC50 / LOD。
重現 coffee-ring-analyzer：ITU-R 601 灰階、integral-image 逐格量測、blank 正規化——與 Streamlit／手機／CLI 版一致。預設格點與濃度即該專案的 thrombin assay 設定。

Dose-Response Fit — 劑量反應曲線

輸入：任何含濃度＋訊號兩數值欄的 Table　輸出：Fit summary、Fitted curve
  1. 選 Concentration 與 Signal 欄；濃度跨數量級時勾 log10。
  2. Model：3PL（y = L/(1+e−k(x−x₀))）或 4PL（含下/上漸近線）。
  3. 讀 EC50（＝拐點 x₀）、LOD（訊號超過基線＋3σ 的濃度）、R²。
  4. Fit summary 接 Data Table；Fitted curve 可疊圖或匯出。
共用 widget：Microplate / Coffee-Ring Reader 的輸出、或任何比色法／ELISA 數據都能接。
FAQ

常見問題

支援哪些影像格式？

PNG / JPG / TIFF / BMP（用 Pillow 讀取）。彩色會以 ITU-R 601 luma 轉灰階。

為什麼比值出現 inf 或 NaN？

Coffee-Ring 的 blank（第 0 欄）量到 0（例如閾值太高、blank 沒有訊號）→ 除以 0。 降低 manual threshold、或確認第 0 欄真的有 blank 點樣。

EC50 / LOD 單位是什麼？

與你輸入的濃度同單位。若勾了 log10，widget 會把結果轉回線性濃度顯示。

可以接到 orange-spectra 的 widgets 嗎？

可以——輸出是一般 Orange 資料表，可接 PLS-DA、PCA、Data Table 等。兩個套件互補。